Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS39Q96JC1 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms