Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.52■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC32.52■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC32.51■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC32.51■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC32.49■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC32.49■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC32.49■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC32.48■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC32.47■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
TCOF1Q13428 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC32.44■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
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