Protein–RNA interactions for Protein: A0A539

TCRBV7S3A2, T-cell receptor beta variable 4-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCRBV7S3A2A0A539 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TCRBV7S3A2A0A539 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
TCRBV7S3A2A0A539 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms