Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.077e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 C16orf52-202ENST00000542527 4360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.067e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SKA2-205ENST00000580541 689 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.057e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PPP1CB-209ENST00000464273 577 ntTSL 215.16■□□□□ 0.027e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PPP1CB-203ENST00000395366 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -07e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 FAM120A-202ENST00000375389 3585 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.017e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 OXNAD1-204ENST00000452581 960 ntTSL 1 (best)14.89□□□□□ -0.037e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 FBRS-204ENST00000482749 725 ntTSL 514.76□□□□□ -0.057e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ADIPOR2-205ENST00000540974 480 ntTSL 314.71□□□□□ -0.057e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 GRK6-207ENST00000508705 744 ntTSL 514.6□□□□□ -0.077e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 TLN1-203ENST00000464379 814 ntTSL 314.59□□□□□ -0.077e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 STT3B-203ENST00000436236 1074 ntTSL 314.58□□□□□ -0.087e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUP205-207ENST00000489493 550 ntTSL 414.51□□□□□ -0.097e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 TANGO2-221ENST00000476940 414 ntTSL 514.48□□□□□ -0.091e-10■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MDM4-211ENST00000470908 884 ntTSL 514.44□□□□□ -0.17e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUMA1-224ENST00000543009 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 314.35□□□□□ -0.117e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MTF2-202ENST00000370303 1951 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.137e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 OXNAD1-203ENST00000442255 1994 ntTSL 514.01□□□□□ -0.177e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 AC005381.1-203ENST00000591920 569 ntTSL 513.9□□□□□ -0.187e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NMD3-205ENST00000468606 589 ntTSL 513.75□□□□□ -0.217e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PPP1CB-201ENST00000296122 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.227e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RELT-207ENST00000545886 4346 ntTSL 213.66□□□□□ -0.227e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 IGF2BP3-214ENST00000492771 564 ntTSL 413.51□□□□□ -0.257e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LINC00662-202ENST00000586248 669 ntTSL 313.39□□□□□ -0.277e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LINC00662-204ENST00000588027 562 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.277e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PKM-224ENST00000569857 1355 ntTSL 513.38□□□□□ -0.277e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 VRK1-204ENST00000555351 667 ntTSL 213.01□□□□□ -0.337e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RELT-204ENST00000539134 3244 ntTSL 212.98□□□□□ -0.337e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZCCHC11-220ENST00000528642 3854 ntTSL 512.94□□□□□ -0.347e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 C16orf52-204ENST00000562695 695 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.357e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ATIC-201ENST00000236959 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.357e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 CDK5RAP2-217ENST00000484546 1269 ntTSL 1 (best)12.76□□□□□ -0.377e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RBM25-202ENST00000525161 541 ntTSL 412.7□□□□□ -0.387e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUMA1-215ENST00000537930 582 ntAPPRIS ALT2 TSL 512.7□□□□□ -0.387e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LINC00662-208ENST00000591338 436 ntTSL 212.64□□□□□ -0.397e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SEPT9-204ENST00000427180 3635 ntTSL 2 BASIC12.53□□□□□ -0.43e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACACA-235ENST00000614789 662 ntTSL 1 (best)12.52□□□□□ -0.417e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUMA1-212ENST00000536119 1686 ntTSL 212.44□□□□□ -0.427e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 AL683813.1-201ENST00000435597 3018 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.437e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ABHD3-204ENST00000577928 604 ntTSL 212.35□□□□□ -0.437e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 EIF2A-214ENST00000487799 1913 ntTSL 2 BASIC12.24□□□□□ -0.457e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUMA1-208ENST00000535087 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 412.14□□□□□ -0.477e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUMA1-210ENST00000535838 582 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.07□□□□□ -0.487e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUMA1-227ENST00000544129 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 512.07□□□□□ -0.487e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RBM25-209ENST00000531500 1039 ntTSL 312.06□□□□□ -0.487e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SMAD4-205ENST00000588745 1371 ntTSL 5 BASIC11.99□□□□□ -0.497e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MDM4-206ENST00000444261 513 ntTSL 211.93□□□□□ -0.57e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 CDK5RAP2-206ENST00000433194 815 ntTSL 311.71□□□□□ -0.537e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SKA2-206ENST00000581068 595 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.547e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZEB2-239ENST00000637045 9091 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.547e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACADVL-216ENST00000578824 720 ntTSL 211.6□□□□□ -0.557e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SKA2-204ENST00000578519 894 ntTSL 311.56□□□□□ -0.567e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RELT-203ENST00000537771 768 ntTSL 311.53□□□□□ -0.567e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SMAD4-214ENST00000592186 1306 ntTSL 511.45□□□□□ -0.587e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ATIC-214ENST00000488712 744 ntTSL 311.45□□□□□ -0.587e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MTF2-211ENST00000494963 885 ntTSL 511.3□□□□□ -0.67e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 CDK5RAP2-213ENST00000480467 931 ntTSL 311.13□□□□□ -0.637e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 OSBPL8-215ENST00000552178 269 ntTSL 311.05□□□□□ -0.647e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUMA1-207ENST00000534987 2211 ntTSL 210.95□□□□□ -0.667e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SKA2-208ENST00000583927 533 ntTSL 210.84□□□□□ -0.677e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 AC005381.1-204ENST00000585697 599 ntTSL 3 BASIC10.79□□□□□ -0.687e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 EIF2A-203ENST00000460851 2198 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.72□□□□□ -0.697e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUMA1-228ENST00000544238 792 ntAPPRIS ALT2 TSL 310.71□□□□□ -0.697e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 TOPBP1-209ENST00000513818 898 ntTSL 1 (best)10.58□□□□□ -0.727e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZNF195-205ENST00000399602 2369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.727e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACACA-246ENST00000621960 551 ntTSL 510.55□□□□□ -0.727e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZNF195-204ENST00000354599 2970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.43□□□□□ -0.747e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MDM4-209ENST00000463049 6102 ntTSL 510.39□□□□□ -0.757e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZNF195-207ENST00000429541 2389 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.38□□□□□ -0.757e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ARHGDIA-210ENST00000582520 245 ntTSL 310.35□□□□□ -0.757e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 EIF2A-205ENST00000463863 565 ntTSL 210.26□□□□□ -0.777e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RAPGEF2-209ENST00000510510 562 ntTSL 410.07□□□□□ -0.87e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZNF195-220ENST00000528796 881 ntTSL 5 BASIC10.03□□□□□ -0.87e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NUMA1-211ENST00000535947 576 ntAPPRIS ALT2 TSL 49.98□□□□□ -0.817e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SKA2-207ENST00000583380 583 ntTSL 5 BASIC9.87□□□□□ -0.837e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PKM-211ENST00000564276 753 ntTSL 1 (best)9.77□□□□□ -0.857e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZCCHC11-211ENST00000474453 1010 ntTSL 59.75□□□□□ -0.857e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LCP1-203ENST00000416500 819 ntTSL 39.65□□□□□ -0.867e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZNF195-203ENST00000343338 3145 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC9.64□□□□□ -0.877e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 CSNK2A2-205ENST00000566813 1569 ntTSL 59.61□□□□□ -0.877e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MTF2-213ENST00000540243 3845 ntTSL 2 BASIC9.56□□□□□ -0.887e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SMAD4-217ENST00000611848 1648 ntTSL 59.52□□□□□ -0.897e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 TROVE2-212ENST00000512587 581 ntTSL 39.48□□□□□ -0.897e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 CDK5RAP2-210ENST00000474262 549 ntTSL 29.46□□□□□ -0.97e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 DLGAP5-201ENST00000247191 2973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.43□□□□□ -0.97e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MTF2-214ENST00000545708 4046 ntTSL 2 BASIC9.42□□□□□ -0.97e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MOSPD2-204ENST00000482354 1870 ntTSL 5 BASIC9.42□□□□□ -0.97e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ATIC-202ENST00000413174 695 ntTSL 59.4□□□□□ -0.97e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 AL355478.1-201ENST00000431686 821 ntTSL 5 BASIC9.38□□□□□ -0.917e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZNF195-230ENST00000620374 3342 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.21□□□□□ -0.937e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MTF2-201ENST00000370298 4125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.06□□□□□ -0.967e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 JRK-202ENST00000506774 561 ntTSL 38.96□□□□□ -0.987e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ZCCHC11-204ENST00000371544 5858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.92□□□□□ -0.987e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 TAL1-205ENST00000465912 433 ntTSL 58.88□□□□□ -0.997e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LINC00662-203ENST00000586954 2254 ntTSL 2 BASIC8.8□□□□□ -17e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SKA2-201ENST00000330137 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.75□□□□□ -1.017e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 C16orf52-203ENST00000562186 605 ntTSL 38.7□□□□□ -1.027e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MKL2-208ENST00000573434 466 ntTSL 38.69□□□□□ -1.027e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SKA2-203ENST00000578105 689 ntTSL 2 BASIC8.62□□□□□ -1.037e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LINC00662-207ENST00000590677 883 ntTSL 5 BASIC8.61□□□□□ -1.037e-6■■■■■ 33.4
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