Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms