Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP40Q9NVE5 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP40Q9NVE5 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.5 ms