Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SHHQ15465 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SHHQ15465 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHHQ15465 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHHQ15465 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHHQ15465 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHHQ15465 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHHQ15465 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHHQ15465 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHHQ15465 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHHQ15465 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHHQ15465 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHHQ15465 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHHQ15465 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHHQ15465 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHHQ15465 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHHQ15465 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHHQ15465 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
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