Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SDC1P18827 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SDC1P18827 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SDC1P18827 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SDC1P18827 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms