Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC27.53■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC27.53■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC27.53■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC27.52■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC27.52■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC87Q9NVE4 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC87Q9NVE4 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms