Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXA1P49639 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms