Protein–RNA interactions for Protein: P48436

SOX9, Transcription factor SOX-9, humanhuman

Predictions only

Length 509 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX9P48436 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX9P48436 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX9P48436 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX9P48436 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX9P48436 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX9P48436 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX9P48436 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX9P48436 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX9P48436 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX9P48436 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX9P48436 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX9P48436 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX9P48436 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX9P48436 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX9P48436 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SOX9P48436 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX9P48436 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SOX9P48436 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms