Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL9A1P20849 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL9A1P20849 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.6 ms