Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CCT3-206ENST00000368262 2048 ntTSL 214.62□□□□□ -0.073e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 RBM25-204ENST00000526754 1567 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.133e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 CCT3-204ENST00000368259 1815 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.213e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 CCT3-211ENST00000472765 1858 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.213e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 CCT3-203ENST00000368258 1885 ntTSL 212.8□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 CCT3-205ENST00000368261 863 ntTSL 511.51□□□□□ -0.573e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 RBM25-203ENST00000525321 2470 ntTSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.63e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 PHF3-207ENST00000505138 612 ntTSL 34.4□□□□□ -1.713e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 YDJC-205ENST00000468686 1423 ntTSL 1 (best)23.1■■□□□ 1.291e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 YDJC-207ENST00000482998 1388 ntTSL 521.37■■□□□ 1.011e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 YDJC-204ENST00000464015 1613 ntTSL 1 (best)20.37■□□□□ 0.851e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 YDJC-206ENST00000473985 1494 ntTSL 520.2■□□□□ 0.821e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.771e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 YDJC-203ENST00000415762 1410 ntTSL 1 (best)19.77■□□□□ 0.761e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.561e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 TEAD1-204ENST00000527376 477 ntTSL 323.69■■□□□ 1.383e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.13e-6■■■■■ 37.4
SF3B1O75533 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.723e-9■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 PTRH2-201ENST00000393038 901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.338e-7■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 PTRH2-202ENST00000409433 2246 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.25□□□□□ -0.778e-7■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 USP48-208ENST00000479177 686 ntTSL 37.03□□□□□ -1.283e-8■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 CNOT1-202ENST00000441024 4999 ntTSL 1 (best) BASIC6.5□□□□□ -1.372e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 PTRH2-205ENST00000587935 409 ntTSL 32.25□□□□□ -2.058e-7■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 FADS1-218ENST00000544696 567 ntTSL 320.92■□□□□ 0.943e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 FADS1-217ENST00000544309 581 ntTSL 320.14■□□□□ 0.813e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 FADS1-202ENST00000421879 583 ntTSL 317.89■□□□□ 0.453e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 FADS1-219ENST00000545245 709 ntTSL 417.89■□□□□ 0.453e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 FADS1-207ENST00000466716 640 ntTSL 516.6■□□□□ 0.253e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 FADS1-209ENST00000491310 525 ntTSL 514.98□□□□□ -0.013e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 FADS1-203ENST00000424501 926 ntTSL 314.58□□□□□ -0.083e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 FADS1-220ENST00000545405 582 ntTSL 214.51□□□□□ -0.093e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 FADS1-214ENST00000540767 742 ntTSL 313.79□□□□□ -0.23e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 PTPA-226ENST00000455292 949 ntTSL 521.31■■□□□ 12e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 PTPA-209ENST00000414331 681 ntTSL 317.35■□□□□ 0.372e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 PTPA-222ENST00000445241 949 ntTSL 315.92■□□□□ 0.142e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 MBD6-214ENST00000552659 530 ntTSL 313.86□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 PTPA-212ENST00000417728 967 ntTSL 310.66□□□□□ -0.72e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.354e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 RIF1-205ENST00000444746 7897 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.04□□□□□ -1.124e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 RIF1-206ENST00000453091 8053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.69□□□□□ -1.184e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 RIF1-201ENST00000243326 15003 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.48□□□□□ -1.214e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 RIF1-203ENST00000428287 7722 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.554e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 SON-208ENST00000455528 8394 ntTSL 1 (best)12.47□□□□□ -0.414e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 SON-202ENST00000356577 8813 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.564e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 SON-204ENST00000381692 2463 ntTSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.474e-6■■■■■ 37.3
SF3B1O75533 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.077e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.817e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.77e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 AK2-212ENST00000550338 886 ntTSL 214.3□□□□□ -0.127e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 AK2-206ENST00000480134 811 ntTSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.377e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 AK2-202ENST00000373449 3586 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.617e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 EAF1-201ENST00000396842 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.637e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 AK2-215ENST00000629371 3576 ntTSL 3 BASIC10.96□□□□□ -0.657e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 AK2-205ENST00000469238 423 ntTSL 27.56□□□□□ -1.27e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 EAF1-203ENST00000617675 556 ntTSL 46.93□□□□□ -1.37e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 AK2-203ENST00000466029 223 ntTSL 35.63□□□□□ -1.517e-10■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 KNL1-203ENST00000526913 5584 ntTSL 1 (best)1.26□□□□□ -2.212e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 RPRD1B-203ENST00000462548 2436 ntTSL 515.72■□□□□ 0.113e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 RPRD1B-202ENST00000449186 591 ntTSL 411.89□□□□□ -0.513e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 RPRD1B-201ENST00000373433 3874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.43□□□□□ -0.583e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 BTNL9-204ENST00000506782 676 ntTSL 513.14□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 DDX39A-205ENST00000586993 585 ntTSL 424.29■■□□□ 1.482e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 DDX39A-204ENST00000586558 1127 ntTSL 220.73■□□□□ 0.912e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 DDX39A-212ENST00000590260 988 ntTSL 219.87■□□□□ 0.772e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.424e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 DDX39A-211ENST00000590239 565 ntTSL 416.19■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 DDX39A-218ENST00000592632 586 ntTSL 214.11□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 NMD3-206ENST00000472947 2378 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.614e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 NMD3-201ENST00000351193 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.48□□□□□ -1.054e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 NAP1L4-215ENST00000528363 685 ntTSL 26.47□□□□□ -1.373e-6■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 EIF4G2-201ENST00000339995 3978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.855e-8■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 EIF4G2-202ENST00000396525 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.085e-8■■■■■ 37.2
SF3B1O75533 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.662e-6■■■■■ 37.1
SF3B1O75533 CLK1-201ENST00000321356 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.95□□□□□ -0.982e-6■■■■■ 37.1
SF3B1O75533 CLK1-215ENST00000621181 1843 ntTSL 1 (best) BASIC8.69□□□□□ -1.022e-6■■■■■ 37.1
SF3B1O75533 CLK1-210ENST00000473565 3208 ntTSL 1 (best)6.44□□□□□ -1.382e-6■■■■■ 37.1
SF3B1O75533 CLK1-202ENST00000409403 1664 ntTSL 55.49□□□□□ -1.532e-6■■■■■ 37.1
SF3B1O75533 CLK1-204ENST00000432425 1682 ntTSL 1 (best)2.2□□□□□ -2.062e-6■■■■■ 37.1
SF3B1O75533 MAN2A2-224ENST00000560616 988 ntTSL 517.65■□□□□ 0.426e-7■■■■■ 37.1
SF3B1O75533 CENPE-204ENST00000509120 792 ntTSL 32.97□□□□□ -1.933e-6■■■■■ 37.1
SF3B1O75533 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.572e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 GUK1-219ENST00000470040 2548 ntTSL 215.35■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 CYBRD1-204ENST00000445146 682 ntTSL 319.44■□□□□ 0.72e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 CYBRD1-207ENST00000494587 549 ntTSL 419.32■□□□□ 0.682e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 CYBRD1-205ENST00000468308 763 ntTSL 317.2■□□□□ 0.342e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 CYBRD1-206ENST00000474182 465 ntTSL 516.59■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 CYBRD1-202ENST00000375252 3540 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.522e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 CYBRD1-201ENST00000321348 4365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.58□□□□□ -0.722e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 CYBRD1-203ENST00000409484 1493 ntTSL 2 BASIC7.53□□□□□ -1.22e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.541e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.751e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.531e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 RPRD1A-202ENST00000399022 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.061e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.231e-6■■■■■ 37
SF3B1O75533 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.053e-6■■■■■ 36.9
SF3B1O75533 LINC02476-201ENST00000426413 1577 ntTSL 2 BASIC5.2□□□□□ -1.582e-6■■■■■ 36.9
SF3B1O75533 PTBP2-209ENST00000482253 2029 ntTSL 219.13■□□□□ 0.652e-6■■■■■ 36.9
SF3B1O75533 PTBP2-207ENST00000476419 1691 ntTSL 1 (best)9.2□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 36.9
SF3B1O75533 PTBP2-201ENST00000370197 3057 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.03□□□□□ -0.962e-6■■■■■ 36.9
SF3B1O75533 PTBP2-202ENST00000370198 3054 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.03□□□□□ -0.962e-6■■■■■ 36.9
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 3547 ms