Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms