Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SKA1Q96BD8 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SKA1Q96BD8 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms