Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS53Q5VIR6 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms