Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL18A1P39060 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL18A1P39060 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms