Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
EXOSC4Q9NPD3 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
EXOSC4Q9NPD3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
EXOSC4Q9NPD3 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
EXOSC4Q9NPD3 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
EXOSC4Q9NPD3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
EXOSC4Q9NPD3 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
EXOSC4Q9NPD3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
EXOSC4Q9NPD3 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
EXOSC4Q9NPD3 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
EXOSC4Q9NPD3 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
EXOSC4Q9NPD3 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
EXOSC4Q9NPD3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
EXOSC4Q9NPD3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
EXOSC4Q9NPD3 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
EXOSC4Q9NPD3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
EXOSC4Q9NPD3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
EXOSC4Q9NPD3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
EXOSC4Q9NPD3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
EXOSC4Q9NPD3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
EXOSC4Q9NPD3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
EXOSC4Q9NPD3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
EXOSC4Q9NPD3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
EXOSC4Q9NPD3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
EXOSC4Q9NPD3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
EXOSC4Q9NPD3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms