Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 SUN2-202ENST00000405510 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.331e-23■■■■■ 74
UPF1Q92900 TXN2-205ENST00000487725 736 ntTSL 327.35■■□□□ 1.974e-15■■■■■ 73.7
UPF1Q92900 KHSRP-205ENST00000595223 956 ntTSL 525.58■■□□□ 1.695e-35■■■■■ 73.7
UPF1Q92900 TMEM222-208ENST00000486082 994 ntTSL 325.43■■□□□ 1.663e-15■■■■■ 73.7
UPF1Q92900 DHCR7-210ENST00000533800 837 ntTSL 321.24■□□□□ 0.995e-15■■■■■ 73.7
UPF1Q92900 ARF1-209ENST00000478424 1059 ntTSL 236.46■■■■□ 3.434e-16■■■■■ 73.2
UPF1Q92900 TGM2-201ENST00000361475 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.244e-9■■■■■ 73.1
UPF1Q92900 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.1■■■■□ 3.537e-58■■■■■ 73
UPF1Q92900 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.583e-8■■■■■ 72.8
UPF1Q92900 IGF2BP1-201ENST00000290341 8274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.312e-23■■■■■ 72.6
UPF1Q92900 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.024e-8■■■■■ 72.3
UPF1Q92900 OGDH-201ENST00000222673 4181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.559e-8■■■■■ 72.3
UPF1Q92900 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.066e-56■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.916e-56■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 ARF1-201ENST00000272102 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.16e-56■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.63e-54■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.463e-54■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 LRPAP1-201ENST00000296325 1078 ntTSL 1 (best)28.29■■■□□ 2.122e-33■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 CTSD-214ENST00000637937 1262 ntTSL 524.18■■□□□ 1.461e-13■■■■■ 71.7
UPF1Q92900 DHCR7-212ENST00000534795 979 ntTSL 1 (best)17.98■□□□□ 0.472e-15■■■■■ 71.6
UPF1Q92900 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.382e-15■■■■■ 71.6
UPF1Q92900 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.182e-15■■■■■ 71.6
UPF1Q92900 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.46■■■■□ 3.114e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.074e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.344e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.914e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.414e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.114e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.256e-9■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC31.43■■■□□ 2.623e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.433e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.323e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.883e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.823e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-207ENST00000574190 2775 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.053e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-212ENST00000576730 2979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.333e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.171e-24■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 STAT5A-209ENST00000588868 3629 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.351e-24■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.323e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.273e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.033e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.833e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 BBC3-206ENST00000601438 1747 nt21.83■■□□□ 1.083e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.113e-19■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-210ENST00000477027 730 ntTSL 524.86■■□□□ 1.578e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.58e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-207ENST00000430147 1030 ntTSL 323.43■■□□□ 1.348e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.248e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.868e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SGSH-214ENST00000575484 565 ntTSL 317.97■□□□□ 0.477e-17■■■■■ 70.4
UPF1Q92900 ATG12-202ENST00000500945 1430 ntTSL 1 (best) BASIC10.85□□□□□ -0.674e-37■■■■■ 70.4
UPF1Q92900 ATG12-203ENST00000505252 3274 ntTSL 1 (best)6.39□□□□□ -1.394e-37■■■■■ 70.4
UPF1Q92900 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.951e-11■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 B4GALT1-201ENST00000379731 4201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.451e-11■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 AC068580.4-204ENST00000427721 1007 ntTSL 222.86■■□□□ 1.251e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.721e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.51e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.51e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 CTSD-204ENST00000433655 2006 ntTSL 518.07■□□□□ 0.481e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.411e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 AC068580.4-203ENST00000636397 4038 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.62□□□□□ -0.391e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.521e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-202ENST00000464720 1665 ntTSL 1 (best)24.13■■□□□ 1.451e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.961e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.941e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-205ENST00000470223 2841 ntTSL 215.59■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-206ENST00000471456 2861 ntTSL 213.3□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.215e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.145e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 PPP2R5D-201ENST00000230402 2958 ntTSL 215.49■□□□□ 0.075e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.025e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 PPP2R5D-205ENST00000470467 2567 ntTSL 1 (best)14.62□□□□□ -0.075e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.021e-14■■■■■ 69.9
UPF1Q92900 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.15e-51■■■■■ 69.8
UPF1Q92900 P4HB-202ENST00000415593 1669 ntTSL 1 (best)19.59■□□□□ 0.735e-51■■■■■ 69.8
UPF1Q92900 P4HB-220ENST00000575069 2453 ntTSL 217.61■□□□□ 0.415e-51■■■■■ 69.8
UPF1Q92900 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.586e-11■■■■■ 69.3
UPF1Q92900 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.686e-11■■■■■ 69.3
UPF1Q92900 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.532e-15■■■■■ 69.3
UPF1Q92900 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.682e-15■■■■■ 69.3
UPF1Q92900 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.448e-14■■■■■ 69.1
UPF1Q92900 DIAPH1-211ENST00000518047 4668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.93□□□□□ -0.663e-17■■■■■ 68.9
UPF1Q92900 CSNK1D-224ENST00000584672 401 ntTSL 322.43■■□□□ 1.186e-11■■■■■ 68.6
UPF1Q92900 DOLPP1-201ENST00000327812 1932 ntTSL 1 (best)21.9■■□□□ 1.14e-8■■■■■ 68.6
UPF1Q92900 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.844e-8■■■■■ 68.6
UPF1Q92900 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.524e-8■■■■■ 68.6
UPF1Q92900 OGDH-205ENST00000444676 3309 ntTSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.721e-17■■■■■ 68.3
UPF1Q92900 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC35.71■■■■□ 3.319e-16■■■■■ 68.3
UPF1Q92900 GFER-202ENST00000561710 482 ntTSL 229.31■■■□□ 2.289e-16■■■■■ 68.3
UPF1Q92900 GFER-204ENST00000567719 483 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.769e-16■■■■■ 68.3
UPF1Q92900 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.117e-8■■■■■ 68.1
UPF1Q92900 MELTF-204ENST00000469783 806 ntTSL 323.29■■□□□ 1.325e-8■■■■■ 68.1
UPF1Q92900 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.066e-21■■■■■ 67.9
UPF1Q92900 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.713e-11■■■■■ 67.6
UPF1Q92900 TNFRSF1B-203ENST00000492361 3583 ntTSL 1 (best)14.93□□□□□ -0.021e-16■■■■■ 67.6
UPF1Q92900 TNFRSF1B-201ENST00000376259 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.161e-16■■■■■ 67.6
UPF1Q92900 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.444e-16■■■■■ 67.2
UPF1Q92900 FAM213A-205ENST00000606162 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.254e-8■■■■■ 67.2
UPF1Q92900 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.263e-15■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 SDC1-201ENST00000254351 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.043e-15■■■■■ 66.8
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