Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 SUN2-202ENST00000405510 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.331e-23■■■■■ 74
UPF1Q92900 TXN2-205ENST00000487725 736 ntTSL 327.35■■□□□ 1.974e-15■■■■■ 73.7
UPF1Q92900 KHSRP-205ENST00000595223 956 ntTSL 525.58■■□□□ 1.695e-35■■■■■ 73.7
UPF1Q92900 TMEM222-208ENST00000486082 994 ntTSL 325.43■■□□□ 1.663e-15■■■■■ 73.7
UPF1Q92900 DHCR7-210ENST00000533800 837 ntTSL 321.24■□□□□ 0.995e-15■■■■■ 73.7
UPF1Q92900 ARF1-209ENST00000478424 1059 ntTSL 236.46■■■■□ 3.434e-16■■■■■ 73.2
UPF1Q92900 TGM2-201ENST00000361475 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.244e-9■■■■■ 73.1
UPF1Q92900 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.1■■■■□ 3.537e-58■■■■■ 73
UPF1Q92900 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.583e-8■■■■■ 72.8
UPF1Q92900 IGF2BP1-201ENST00000290341 8274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.312e-23■■■■■ 72.6
UPF1Q92900 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.024e-8■■■■■ 72.3
UPF1Q92900 OGDH-201ENST00000222673 4181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.559e-8■■■■■ 72.3
UPF1Q92900 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.066e-56■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.916e-56■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 ARF1-201ENST00000272102 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.16e-56■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.63e-54■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.463e-54■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 LRPAP1-201ENST00000296325 1078 ntTSL 1 (best)28.29■■■□□ 2.122e-33■■■■■ 71.8
UPF1Q92900 CTSD-214ENST00000637937 1262 ntTSL 524.18■■□□□ 1.461e-13■■■■■ 71.7
UPF1Q92900 DHCR7-212ENST00000534795 979 ntTSL 1 (best)17.98■□□□□ 0.472e-15■■■■■ 71.6
UPF1Q92900 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.382e-15■■■■■ 71.6
UPF1Q92900 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.182e-15■■■■■ 71.6
UPF1Q92900 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.46■■■■□ 3.114e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.074e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.344e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.914e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.414e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.114e-43■■■■■ 71.5
UPF1Q92900 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.256e-9■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC31.43■■■□□ 2.623e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.433e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.323e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.883e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.823e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-207ENST00000574190 2775 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.053e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 MCRIP1-212ENST00000576730 2979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.333e-8■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.171e-24■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 STAT5A-209ENST00000588868 3629 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.351e-24■■■■■ 71.4
UPF1Q92900 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.323e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.273e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.033e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.833e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 BBC3-206ENST00000601438 1747 nt21.83■■□□□ 1.083e-11■■■■■ 71.3
UPF1Q92900 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.113e-19■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-210ENST00000477027 730 ntTSL 524.86■■□□□ 1.578e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.58e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-207ENST00000430147 1030 ntTSL 323.43■■□□□ 1.348e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.248e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.868e-10■■■■■ 70.9
UPF1Q92900 SGSH-214ENST00000575484 565 ntTSL 317.97■□□□□ 0.477e-17■■■■■ 70.4
UPF1Q92900 ATG12-202ENST00000500945 1430 ntTSL 1 (best) BASIC10.85□□□□□ -0.674e-37■■■■■ 70.4
UPF1Q92900 ATG12-203ENST00000505252 3274 ntTSL 1 (best)6.39□□□□□ -1.394e-37■■■■■ 70.4
UPF1Q92900 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.951e-11■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 B4GALT1-201ENST00000379731 4201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.451e-11■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 AC068580.4-204ENST00000427721 1007 ntTSL 222.86■■□□□ 1.251e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.721e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.51e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.51e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 CTSD-204ENST00000433655 2006 ntTSL 518.07■□□□□ 0.481e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.411e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 AC068580.4-203ENST00000636397 4038 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.62□□□□□ -0.391e-13■■■■■ 70.3
UPF1Q92900 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.521e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-202ENST00000464720 1665 ntTSL 1 (best)24.13■■□□□ 1.451e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.961e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.941e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-205ENST00000470223 2841 ntTSL 215.59■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 TMEM222-206ENST00000471456 2861 ntTSL 213.3□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 70.2
UPF1Q92900 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.215e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.145e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 PPP2R5D-201ENST00000230402 2958 ntTSL 215.49■□□□□ 0.075e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.025e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 PPP2R5D-205ENST00000470467 2567 ntTSL 1 (best)14.62□□□□□ -0.075e-13■■■■■ 70
UPF1Q92900 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.021e-14■■■■■ 69.9
UPF1Q92900 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.15e-51■■■■■ 69.8
UPF1Q92900 P4HB-202ENST00000415593 1669 ntTSL 1 (best)19.59■□□□□ 0.735e-51■■■■■ 69.8
UPF1Q92900 P4HB-220ENST00000575069 2453 ntTSL 217.61■□□□□ 0.415e-51■■■■■ 69.8
UPF1Q92900 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.586e-11■■■■■ 69.3
UPF1Q92900 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.686e-11■■■■■ 69.3
UPF1Q92900 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.532e-15■■■■■ 69.3
UPF1Q92900 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.682e-15■■■■■ 69.3
UPF1Q92900 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.448e-14■■■■■ 69.1
UPF1Q92900 DIAPH1-211ENST00000518047 4668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.93□□□□□ -0.663e-17■■■■■ 68.9
UPF1Q92900 CSNK1D-224ENST00000584672 401 ntTSL 322.43■■□□□ 1.186e-11■■■■■ 68.6
UPF1Q92900 DOLPP1-201ENST00000327812 1932 ntTSL 1 (best)21.9■■□□□ 1.14e-8■■■■■ 68.6
UPF1Q92900 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.844e-8■■■■■ 68.6
UPF1Q92900 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.524e-8■■■■■ 68.6
UPF1Q92900 OGDH-205ENST00000444676 3309 ntTSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.721e-17■■■■■ 68.3
UPF1Q92900 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC35.71■■■■□ 3.319e-16■■■■■ 68.3
UPF1Q92900 GFER-202ENST00000561710 482 ntTSL 229.31■■■□□ 2.289e-16■■■■■ 68.3
UPF1Q92900 GFER-204ENST00000567719 483 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.769e-16■■■■■ 68.3
UPF1Q92900 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.117e-8■■■■■ 68.1
UPF1Q92900 MELTF-204ENST00000469783 806 ntTSL 323.29■■□□□ 1.325e-8■■■■■ 68.1
UPF1Q92900 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.066e-21■■■■■ 67.9
UPF1Q92900 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.713e-11■■■■■ 67.6
UPF1Q92900 TNFRSF1B-203ENST00000492361 3583 ntTSL 1 (best)14.93□□□□□ -0.021e-16■■■■■ 67.6
UPF1Q92900 TNFRSF1B-201ENST00000376259 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.161e-16■■■■■ 67.6
UPF1Q92900 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.444e-16■■■■■ 67.2
UPF1Q92900 FAM213A-205ENST00000606162 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.254e-8■■■■■ 67.2
UPF1Q92900 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.263e-15■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 SDC1-201ENST00000254351 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.043e-15■■■■■ 66.8
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