Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
LDLRP01130 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
LDLRP01130 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LDLRP01130 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LDLRP01130 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LDLRP01130 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LDLRP01130 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LDLRP01130 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LDLRP01130 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LDLRP01130 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LDLRP01130 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LDLRP01130 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LDLRP01130 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LDLRP01130 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
LDLRP01130 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LDLRP01130 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LDLRP01130 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
LDLRP01130 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LDLRP01130 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LDLRP01130 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
LDLRP01130 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LDLRP01130 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LDLRP01130 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LDLRP01130 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LDLRP01130 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LDLRP01130 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LDLRP01130 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LDLRP01130 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LDLRP01130 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LDLRP01130 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LDLRP01130 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LDLRP01130 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LDLRP01130 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LDLRP01130 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LDLRP01130 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LDLRP01130 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LDLRP01130 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
LDLRP01130 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LDLRP01130 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LDLRP01130 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LDLRP01130 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LDLRP01130 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
LDLRP01130 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LDLRP01130 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LDLRP01130 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LDLRP01130 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LDLRP01130 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LDLRP01130 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LDLRP01130 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LDLRP01130 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LDLRP01130 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LDLRP01130 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LDLRP01130 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LDLRP01130 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LDLRP01130 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LDLRP01130 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LDLRP01130 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LDLRP01130 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LDLRP01130 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LDLRP01130 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LDLRP01130 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LDLRP01130 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LDLRP01130 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LDLRP01130 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LDLRP01130 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LDLRP01130 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LDLRP01130 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LDLRP01130 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LDLRP01130 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LDLRP01130 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LDLRP01130 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LDLRP01130 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LDLRP01130 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
LDLRP01130 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LDLRP01130 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LDLRP01130 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LDLRP01130 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LDLRP01130 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LDLRP01130 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LDLRP01130 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LDLRP01130 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LDLRP01130 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LDLRP01130 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LDLRP01130 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LDLRP01130 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LDLRP01130 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LDLRP01130 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LDLRP01130 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LDLRP01130 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LDLRP01130 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LDLRP01130 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LDLRP01130 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
LDLRP01130 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LDLRP01130 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
LDLRP01130 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LDLRP01130 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LDLRP01130 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LDLRP01130 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LDLRP01130 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LDLRP01130 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.3 ms