Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.41■■■■■ 5.34
CCDC88BA6NC98 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC48.41■■■■■ 5.34
CCDC88BA6NC98 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC48.4■■■■■ 5.34
CCDC88BA6NC98 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC48.38■■■■■ 5.34
CCDC88BA6NC98 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.37■■■■■ 5.33
CCDC88BA6NC98 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC48.37■■■■■ 5.33
CCDC88BA6NC98 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC48.35■■■■■ 5.33
CCDC88BA6NC98 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC48.35■■■■■ 5.33
CCDC88BA6NC98 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.34■■■■■ 5.33
CCDC88BA6NC98 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC48.34■■■■■ 5.33
CCDC88BA6NC98 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.31■■■■■ 5.32
CCDC88BA6NC98 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC48.29■■■■■ 5.32
CCDC88BA6NC98 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC48.29■■■■■ 5.32
CCDC88BA6NC98 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC48.29■■■■■ 5.32
CCDC88BA6NC98 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC48.29■■■■■ 5.32
CCDC88BA6NC98 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC48.27■■■■■ 5.32
CCDC88BA6NC98 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC48.26■■■■■ 5.32
CCDC88BA6NC98 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC48.24■■■■■ 5.31
CCDC88BA6NC98 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC48.24■■■■■ 5.31
CCDC88BA6NC98 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.23■■■■■ 5.31
CCDC88BA6NC98 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC48.23■■■■■ 5.31
CCDC88BA6NC98 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC48.23■■■■■ 5.31
CCDC88BA6NC98 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.2■■■■■ 5.31
CCDC88BA6NC98 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC48.19■■■■■ 5.31
CCDC88BA6NC98 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC48.19■■■■■ 5.31
CCDC88BA6NC98 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC48.19■■■■■ 5.31
CCDC88BA6NC98 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC48.19■■■■■ 5.3
CCDC88BA6NC98 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC48.17■■■■■ 5.3
CCDC88BA6NC98 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC48.17■■■■■ 5.3
CCDC88BA6NC98 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.17■■■■■ 5.3
CCDC88BA6NC98 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC48.16■■■■■ 5.3
CCDC88BA6NC98 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC48.16■■■■■ 5.3
CCDC88BA6NC98 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.15■■■■■ 5.3
CCDC88BA6NC98 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.13■■■■■ 5.3
CCDC88BA6NC98 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC48.12■■■■■ 5.29
CCDC88BA6NC98 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.11■■■■■ 5.29
CCDC88BA6NC98 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC48.1■■■■■ 5.29
CCDC88BA6NC98 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC48.1■■■■■ 5.29
CCDC88BA6NC98 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC48.1■■■■■ 5.29
CCDC88BA6NC98 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC48.05■■■■■ 5.28
CCDC88BA6NC98 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC48.04■■■■■ 5.28
CCDC88BA6NC98 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.04■■■■■ 5.28
CCDC88BA6NC98 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC48.04■■■■■ 5.28
CCDC88BA6NC98 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC48.04■■■■■ 5.28
CCDC88BA6NC98 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC48.02■■■■■ 5.28
CCDC88BA6NC98 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.02■■■■■ 5.28
CCDC88BA6NC98 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48■■■■■ 5.27
CCDC88BA6NC98 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC47.99■■■■■ 5.27
CCDC88BA6NC98 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.98■■■■■ 5.27
CCDC88BA6NC98 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.96■■■■■ 5.27
CCDC88BA6NC98 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC47.96■■■■■ 5.27
CCDC88BA6NC98 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.95■■■■■ 5.27
CCDC88BA6NC98 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.92■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.92■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC47.92■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.91■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC47.91■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC47.91■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC47.91■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.9■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC47.89■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC47.89■■■■■ 5.26
CCDC88BA6NC98 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC47.86■■■■■ 5.25
CCDC88BA6NC98 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC47.86■■■■■ 5.25
CCDC88BA6NC98 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC47.84■■■■■ 5.25
CCDC88BA6NC98 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.83■■■■■ 5.25
CCDC88BA6NC98 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.83■■■■■ 5.25
CCDC88BA6NC98 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC47.82■■■■■ 5.25
CCDC88BA6NC98 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC47.82■■■■■ 5.25
CCDC88BA6NC98 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.82■■■■■ 5.25
CCDC88BA6NC98 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC47.82■■■■■ 5.25
CCDC88BA6NC98 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.79■■■■■ 5.24
CCDC88BA6NC98 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC47.78■■■■■ 5.24
CCDC88BA6NC98 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC47.77■■■■■ 5.24
CCDC88BA6NC98 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC47.77■■■■■ 5.24
CCDC88BA6NC98 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC47.76■■■■■ 5.24
CCDC88BA6NC98 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC47.73■■■■■ 5.23
CCDC88BA6NC98 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC47.73■■■■■ 5.23
CCDC88BA6NC98 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC47.72■■■■■ 5.23
CCDC88BA6NC98 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.72■■■■■ 5.23
CCDC88BA6NC98 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC47.7■■■■■ 5.23
CCDC88BA6NC98 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.68■■■■■ 5.22
CCDC88BA6NC98 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.67■■■■■ 5.22
CCDC88BA6NC98 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.64■■■■■ 5.22
CCDC88BA6NC98 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC47.64■■■■■ 5.22
CCDC88BA6NC98 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.63■■■■■ 5.22
CCDC88BA6NC98 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.63■■■■■ 5.22
CCDC88BA6NC98 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC47.63■■■■■ 5.22
CCDC88BA6NC98 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC47.62■■■■■ 5.21
CCDC88BA6NC98 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC47.61■■■■■ 5.21
CCDC88BA6NC98 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC47.6■■■■■ 5.21
CCDC88BA6NC98 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC47.59■■■■■ 5.21
CCDC88BA6NC98 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.58■■■■■ 5.21
CCDC88BA6NC98 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47.56■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.56■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47.55■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.55■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC47.54■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.53■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC47.53■■■■■ 5.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms