Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC112Q8NEF3 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms