Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CTCFP49711 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CTCFP49711 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CTCFP49711 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CTCFP49711 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CTCFP49711 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CTCFP49711 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CTCFP49711 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CTCFP49711 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CTCFP49711 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CTCFP49711 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms