Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.161e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FKBP8-212ENST00000606531 460 ntTSL 216.06■□□□□ 0.161e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.161e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.161e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.161e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TCEA2-209ENST00000465111 2357 ntTSL 216.01■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SS18L1-205ENST00000492466 899 ntTSL 516■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 WDFY1-202ENST00000429915 719 ntTSL 316■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC25A10-208ENST00000574884 726 ntTSL 515.98■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UMPS-209ENST00000497791 1691 ntTSL 1 (best)15.95■□□□□ 0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF215-203ENST00000527171 1602 ntTSL 215.95■□□□□ 0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RAD51C-211ENST00000487525 1253 ntTSL 515.92■□□□□ 0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CUL9-217ENST00000515344 599 ntTSL 315.89■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RNF138-205ENST00000578914 613 ntTSL 415.87■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 POLG-204ENST00000526398 512 ntTSL 315.85■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CENPF-202ENST00000464322 689 ntTSL 215.84■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC25A26-201ENST00000336733 1023 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TAF1C-217ENST00000566903 2628 ntTSL 515.81■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 GPS1-211ENST00000580627 543 ntTSL 415.78■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ATP9B-222ENST00000590477 1784 ntTSL 215.78■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ABCF3-211ENST00000475728 503 ntTSL 315.74■□□□□ 0.111e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KCNAB2-217ENST00000481789 916 ntTSL 215.74■□□□□ 0.111e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.111e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AC011825.3-201ENST00000583184 565 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.111e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ARFGAP2-207ENST00000525398 1000 ntTSL 315.69■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF215-208ENST00000636097 2150 ntTSL 515.66■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UEVLD-204ENST00000396196 1354 ntTSL 215.66■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BAP1-207ENST00000478368 1234 ntTSL 1 (best)15.65■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 EVL-220ENST00000556921 893 ntTSL 515.63■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NUDT1-204ENST00000397046 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NUDT1-203ENST00000356714 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.092e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ST3GAL5-260ENST00000640572 2169 ntTSL 515.58■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SCARF1-203ENST00000434376 3342 ntTSL 1 (best)15.58■□□□□ 0.082e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM219A-204ENST00000379081 3543 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ANKRD39-202ENST00000443120 4965 ntTSL 215.55■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ST3GAL5-258ENST00000640425 2369 ntTSL 515.54■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZFP62-204ENST00000506439 544 ntTSL 415.53■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NRF1-206ENST00000454688 814 ntTSL 515.52■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FBXO24-204ENST00000465843 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RAD18-208ENST00000469793 592 ntTSL 215.51■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NUP210-203ENST00000479519 1312 ntTSL 1 (best)15.49■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC9A3R2-203ENST00000561844 738 ntTSL 315.48■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ATM-212ENST00000527805 4841 ntTSL 1 (best)15.47■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TBRG4-212ENST00000483615 822 ntTSL 315.46■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TM4SF19-203ENST00000446879 1582 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MRPL19-201ENST00000358788 693 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KCNC3-202ENST00000474951 3347 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RAD51C-205ENST00000461271 726 ntTSL 515.42■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ABCF3-209ENST00000472608 657 ntTSL 215.41■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SIDT2-207ENST00000525339 382 ntTSL 315.41■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.051e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.051e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.051e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ASGR2-204ENST00000450034 932 ntTSL 215.35■□□□□ 0.051e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.051e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.051e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.045e-8■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CDK2AP1-205ENST00000542174 1812 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.042e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DNASE1-207ENST00000570769 2732 ntTSL 515.29■□□□□ 0.041e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.041e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMPRSS4-212ENST00000522462 421 ntTSL 515.28■□□□□ 0.041e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PEMT-205ENST00000421096 662 ntTSL 315.24■□□□□ 0.031e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.031e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 GRM7-215ENST00000486284 4241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ARFGAP2-226ENST00000532478 940 ntTSL 515.22■□□□□ 0.031e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMEM184B-204ENST00000411679 555 ntTSL 515.22■□□□□ 0.031e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CAPN1-214ENST00000528165 2828 ntTSL 215.2■□□□□ 0.021e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ATPAF2-205ENST00000469327 681 ntTSL 515.2■□□□□ 0.021e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SMTN-206ENST00000422839 566 ntTSL 415.17■□□□□ 0.021e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ANKMY1-204ENST00000391987 3221 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.021e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ASGR2-203ENST00000446679 879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.021e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SKA1-202ENST00000398452 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ACIN1-216ENST00000555478 1017 ntTSL 515.13■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DOCK10-211ENST00000492369 3837 ntTSL 1 (best)15.1■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AREL1-214ENST00000556589 846 ntTSL 215.1■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMPRSS4-211ENST00000522307 1634 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ATP9B-216ENST00000588921 1511 ntTSL 1 (best)15.08■□□□□ 01e-7■■■■■ 172.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 2239.5 ms