Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS4AQ9UN37 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS4AQ9UN37 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms