Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.3 ms