Protein–RNA interactions for Protein: P55072

VCP, Transitional endoplasmic reticulum ATPase, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 806 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCPP55072 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VCPP55072 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VCPP55072 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VCPP55072 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCPP55072 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCPP55072 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCPP55072 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCPP55072 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCPP55072 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VCPP55072 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VCPP55072 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms