Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms