Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HLA-CQ95604 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HLA-CQ95604 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HLA-CQ95604 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HLA-CQ95604 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HLA-CQ95604 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HLA-CQ95604 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HLA-CQ95604 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HLA-CQ95604 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HLA-CQ95604 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HLA-CQ95604 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms