Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms