Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
IFT88Q13099 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
IFT88Q13099 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 185 ms