Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIG3P49916 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIG3P49916 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIG3P49916 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIG3P49916 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIG3P49916 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIG3P49916 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIG3P49916 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIG3P49916 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIG3P49916 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIG3P49916 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIG3P49916 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIG3P49916 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIG3P49916 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIG3P49916 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIG3P49916 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
LIG3P49916 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
LIG3P49916 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIG3P49916 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIG3P49916 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIG3P49916 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIG3P49916 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIG3P49916 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIG3P49916 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIG3P49916 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIG3P49916 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIG3P49916 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms