Protein–RNA interactions for Protein: O75150

RNF40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, humanhuman

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40O75150 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF40O75150 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF40O75150 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF40O75150 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF40O75150 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF40O75150 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF40O75150 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF40O75150 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
RNF40O75150 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
RNF40O75150 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
RNF40O75150 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF40O75150 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF40O75150 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF40O75150 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF40O75150 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF40O75150 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF40O75150 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
RNF40O75150 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
RNF40O75150 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
RNF40O75150 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
RNF40O75150 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
RNF40O75150 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RNF40O75150 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RNF40O75150 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RNF40O75150 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RNF40O75150 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RNF40O75150 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RNF40O75150 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms