Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMKR1H3BMG3 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMKR1H3BMG3 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms