Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS54Q9P1Q0 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms