Protein–RNA interactions for Protein: Q96JB5

CDK5RAP3, CDK5 regulatory subunit-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDK5RAP3Q96JB5 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CDK5RAP3Q96JB5 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CDK5RAP3Q96JB5 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms