Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
PRPF39Q86UA1 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PRPF39Q86UA1 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms