Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TNFRSF4P43489 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TNFRSF4P43489 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TNFRSF4P43489 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TNFRSF4P43489 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TNFRSF4P43489 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TNFRSF4P43489 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TNFRSF4P43489 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TNFRSF4P43489 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TNFRSF4P43489 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TNFRSF4P43489 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TNFRSF4P43489 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms