Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL9A1P20849 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL9A1P20849 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms