Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC27.55■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
CHMP3Q9Y3E7 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP3Q9Y3E7 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.1 ms