Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms