Protein–RNA interactions for Protein: Q9UJV9

DDX41, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 622 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX41Q9UJV9 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX41Q9UJV9 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX41Q9UJV9 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms