Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
RPUSD4Q96CM3 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.9 ms