Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 SRRT-215ENST00000614484 2964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.087e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 SRRT-213ENST00000611405 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.087e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-205ENST00000370710 375 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.027e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 EPB41L5-201ENST00000263713 6628 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.014e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 HIPK2-203ENST00000428878 3969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.074e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZKSCAN1-205ENST00000535170 8758 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.184e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZKSCAN1-206ENST00000620510 9192 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.34e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 POLR1A-203ENST00000409681 6454 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.314e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 POLR1A-204ENST00000424089 576 ntTSL 313.05□□□□□ -0.324e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 POLR1A-202ENST00000409024 560 ntTSL 312.91□□□□□ -0.344e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 EPB41L5-204ENST00000443902 3167 ntTSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.364e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 POLR1A-208ENST00000486964 1427 ntTSL 512.54□□□□□ -0.44e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZKSCAN1-201ENST00000324306 9418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.574e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 FBXO38-202ENST00000340253 4424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.574e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 HIPK2-201ENST00000342645 2937 ntTSL 5 BASIC11.4□□□□□ -0.584e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 FBXO38-203ENST00000394370 4132 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.614e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 PTCD3-201ENST00000254630 6734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.644e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 FBXO38-201ENST00000296701 3680 ntTSL 2 BASIC10.95□□□□□ -0.664e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MYO1B-215ENST00000634375 567 ntTSL 410.33□□□□□ -0.764e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-204ENST00000370708 9478 ntTSL 2 BASIC10.22□□□□□ -0.777e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MYO1B-201ENST00000304164 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.2□□□□□ -0.784e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 FBXO38-213ENST00000508670 550 ntTSL 49.11□□□□□ -0.954e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MYO1B-203ENST00000392316 4764 ntTSL 5 BASIC8.64□□□□□ -1.034e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 FBXO38-217ENST00000511080 514 ntTSL 48.15□□□□□ -1.14e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 PTCD3-208ENST00000469585 885 ntTSL 28.13□□□□□ -1.114e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 POLR1A-201ENST00000263857 12749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.07□□□□□ -1.124e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 HIPK2-202ENST00000406875 15049 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.89□□□□□ -1.154e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 PTCD3-205ENST00000464541 890 ntTSL 57.75□□□□□ -1.174e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-217ENST00000510989 558 ntTSL 56.72□□□□□ -1.337e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 PTCD3-211ENST00000476215 754 ntTSL 36.42□□□□□ -1.384e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 FBXO38-218ENST00000513826 3585 ntTSL 1 (best) BASIC6.21□□□□□ -1.414e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-211ENST00000504603 561 ntTSL 55.59□□□□□ -1.517e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 PTCD3-216ENST00000487043 1054 ntTSL 35.18□□□□□ -1.584e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-218ENST00000515290 581 ntTSL 44.98□□□□□ -1.617e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 EPB41L5-206ENST00000461128 622 ntTSL 24.7□□□□□ -1.664e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-214ENST00000509071 477 ntTSL 53.73□□□□□ -1.817e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-208ENST00000491832 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.64□□□□□ -1.997e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 GANAB-203ENST00000524437 671 ntTSL 225.65■■□□□ 1.72e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 GANAB-214ENST00000534613 737 ntTSL 520.98■□□□□ 0.954e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 GANAB-204ENST00000525994 390 ntTSL 420.8■□□□□ 0.924e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 GANAB-213ENST00000534422 702 ntTSL 515.34■□□□□ 0.054e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 GANAB-215ENST00000534779 2626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.024e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 GANAB-216ENST00000540933 3836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.164e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 GANAB-201ENST00000346178 3906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.274e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 GANAB-202ENST00000356638 3608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.364e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 GANAB-211ENST00000532402 3718 ntTSL 1 (best)12.66□□□□□ -0.384e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 CC2D1A-204ENST00000587508 1667 ntTSL 526.74■■□□□ 1.871e-9■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.412e-8■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.72e-8■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 ID2-204ENST00000472142 474 ntTSL 26.55□□□□□ -1.362e-8■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 OSGEP-203ENST00000553640 578 ntTSL 324.29■■□□□ 1.484e-11■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 OSGEP-211ENST00000556252 830 ntTSL 324.11■■□□□ 1.454e-11■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 OSGEP-205ENST00000554699 762 ntTSL 323.92■■□□□ 1.424e-11■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 OSGEP-212ENST00000556439 1011 ntTSL 221.45■■□□□ 1.024e-11■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 SLC25A36-205ENST00000502594 1163 ntTSL 1 (best)23.74■■□□□ 1.394e-7■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.14e-7■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.894e-7■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.84e-7■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 SLC25A36-215ENST00000631654 620 ntTSL 518.25■□□□□ 0.514e-7■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 SLC25A36-210ENST00000512023 817 ntTSL 59.88□□□□□ -0.834e-7■■■□□ 19.1
U2AF1Q01081 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.771e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 GIPR-203ENST00000585889 1414 ntTSL 1 (best)25.48■■□□□ 1.671e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.391e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 GIPR-205ENST00000590918 3289 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.311e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ANKRD17-210ENST00000561029 2717 ntTSL 527.33■■□□□ 1.977e-8■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.432e-8■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.877e-8■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ANKRD17-202ENST00000358602 10784 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.037e-8■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ANKRD17-207ENST00000558247 8456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)7.42□□□□□ -1.227e-8■■■□□ 19
U2AF1Q01081 CCAR1-206ENST00000494903 570 ntTSL 430.37■■■□□ 2.453e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ATP5A1-205ENST00000586592 2214 ntTSL 230.32■■■□□ 2.453e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.323e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ATP5A1-208ENST00000589252 662 ntTSL 526.09■■□□□ 1.773e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.533e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.993e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.813e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ATP5A1-210ENST00000589869 910 ntTSL 319.72■□□□□ 0.753e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-212ENST00000527399 1041 ntTSL 519.5■□□□□ 0.713e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ATP5A1-211ENST00000590156 1931 ntTSL 219.16■□□□□ 0.663e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ATP5A1-215ENST00000590665 1793 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.473e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 CCAR1-209ENST00000538031 754 ntTSL 317.89■□□□□ 0.453e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ATP5A1-201ENST00000282050 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.453e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-204ENST00000433877 1956 ntTSL 217.77■□□□□ 0.433e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-210ENST00000526560 545 ntTSL 416.2■□□□□ 0.183e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-202ENST00000344591 936 ntTSL 216.06■□□□□ 0.163e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-207ENST00000525335 1146 ntTSL 515.69■□□□□ 0.13e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ATP5A1-218ENST00000592364 576 ntTSL 515.59■□□□□ 0.093e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-220ENST00000532695 2001 ntTSL 215.47■□□□□ 0.073e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-214ENST00000527796 3156 ntTSL 513□□□□□ -0.333e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 ATP5A1-202ENST00000398752 5818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.343e-7■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-201ENST00000331738 3520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.39□□□□□ -0.753e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-215ENST00000528263 792 ntTSL 38.74□□□□□ -1.013e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 CCAR1-208ENST00000536391 552 ntTSL 46.9□□□□□ -1.33e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RSRC2-211ENST00000527173 2570 ntTSL 26.72□□□□□ -1.333e-17■■■□□ 19
U2AF1Q01081 SLC26A6-218ENST00000482282 1029 ntTSL 518.65■□□□□ 0.582e-10■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RAB3GAP2-201ENST00000237724 821 ntTSL 320.52■□□□□ 0.881e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RAB3GAP2-202ENST00000358951 7257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.191e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RAB3GAP2-207ENST00000478976 575 ntTSL 413.36□□□□□ -0.271e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RAB3GAP2-204ENST00000474178 539 ntTSL 413.23□□□□□ -0.291e-9■■■□□ 19
U2AF1Q01081 RAB3GAP2-208ENST00000484658 515 ntTSL 49.73□□□□□ -0.851e-9■■■□□ 19
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 49.4 ms