Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
MSX1P28360 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
MSX1P28360 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
MSX1P28360 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
MSX1P28360 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
MSX1P28360 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
MSX1P28360 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
MSX1P28360 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
MSX1P28360 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
MSX1P28360 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
MSX1P28360 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
MSX1P28360 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
MSX1P28360 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
MSX1P28360 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
MSX1P28360 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
MSX1P28360 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
MSX1P28360 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
MSX1P28360 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
MSX1P28360 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
MSX1P28360 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
MSX1P28360 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
MSX1P28360 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms