Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH2P43246 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH2P43246 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH2P43246 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH2P43246 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH2P43246 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH2P43246 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH2P43246 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH2P43246 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH2P43246 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH2P43246 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH2P43246 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH2P43246 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH2P43246 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH2P43246 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH2P43246 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH2P43246 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH2P43246 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH2P43246 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH2P43246 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH2P43246 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH2P43246 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH2P43246 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH2P43246 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH2P43246 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH2P43246 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH2P43246 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH2P43246 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms