Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTPN4P29074 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms