Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXD9P28356 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms