Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VIMP08670 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VIMP08670 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VIMP08670 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VIMP08670 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VIMP08670 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VIMP08670 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VIMP08670 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VIMP08670 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VIMP08670 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VIMP08670 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VIMP08670 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VIMP08670 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VIMP08670 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VIMP08670 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VIMP08670 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VIMP08670 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VIMP08670 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VIMP08670 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VIMP08670 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms