Protein–RNA interactions for Protein: H3BSU7

TMX2-CTNND1, TMX2-CTNND1 readthrough (NMD candidate), humanhuman

Predictions only

Length 103 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMX2-CTNND1H3BSU7 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms